La Asamblea general de miembros, es la máxima autoridad y órgano de decisión, la conforman  13 asociados con voz y voto.

La Junta Directiva, la conforma según sus estatutos por 7 miembros, elegida por un año en asamblea general. La representación legal de la asociación corresponde al presidente de la Junta Directiva

La Dirección Ejecutiva, es nombrado por la Junta Directiva, y responde por la administración de los programas  y proyectos en todas sus etapas.  Representa a MASINFA con facultades de apoderado general de administración.

Como parte de la estrategia de sostenibilidad  MASINFA,  cuenta con fondos propios generados por  sus  mismos programas, los que financian o subsanan  sus propios gastos operativos y administrativo, en su totalidad.